Cốt truyện của phim Người Thầy Y Đức xoay quang nhân vật Boo Yong Joo, anh là một bác sĩ thiên tài trong phẫu thuật. Anh đã từng là bác sĩ phẫu thuật đứng top đầu lĩnh vực của mình và từng thực hiện việc hoàn thành công việc tại bệnh viện hàng đầu của Seoul. Trớ trêu thay, sau một sự cố anh biến mất, bặt vô âm tín và đổi tên thành Kim Sa Bu.
Vị Bác sĩ phẫu thuật thiên tài này bắt đầu thực hiện công việc tại một bệnh viện nhỏ tên Doldam, nằm ở tỉnh Gangwon. Tại đây, anh gặp bác sĩ trẻ tài năng SEO Woo Jin (do Ahn Hyo Seop thủ vai), người đang bị các cộng sự tẩy chay và nữ bác sĩ Cha Eun Jae (Lee Sung Kyung) bị đình chỉ thực hiện công việc tạm thời sau khi cô đã mắc lỗi trong phòng phẫu thuật.
Khi cùng nhau thực hiện công việc tại Bệnh viên Doldam, bác sĩ Kim cùng hai bác sĩ trẻ đã có sự phối hợp ăn ý trước những giây phút nguy hiểm nhất để cứu sống bệnh nhân.
tiếp nối thông tin ở 2 phần trước, phần 3 này sẽ tiếp tục về câu chuyện cứu người của các bác sĩ, xen lẫn đó là phần love line đáng yêu giữa hai bác sĩ trẻ. Phim Người Thầy Y Đức 3 sẽ tiếp tục kể về câu chuyện ở Bệnh viện Doldam một khi độc lập khỏi một quỹ “khủng” được hé lộ ở cuối phim Người Thầy Y Đức phần 2.
