Phim Danh Y Vượt Thời Gian kể về Jin Hyuk là một giải phẫu thần kinh tài năng, người đã được sinh ra trong một gia đình bác sĩ. Tỷ lệ thành công của mình trong phẫu thuật dao động ở mức, với khả năng của mình để nhanh chóng phân tích tình huống và bàn tay cực kỳ ổn định. Do việc theo đuổi cá nhân của mình hoàn hảo, ông đã có một thái độ lạnh lùng và thiếu lòng từ bi. Ông đang có kế hoạch để cung cấp cho bạn gái của mình Yoo Mi-na ( Park Min Young ) một chiếc nhẫn như một món quà từ mẹ khi sau một cuộc tranh cãi, mi-na được vào một tai nạn xe hơi và đi vào hôn mê. Sau khi phẫu thuật loại bỏ khối u thai nhi hình từ não của bệnh nhân, một sức mạnh bí ẩn gây Jin Hyuk để đi du lịch 150 năm trở lại trong thời gian đến năm 1860 trong triều đại Joseon, khi công nghệ y tế vẫn còn trong giai đoạn trẻ sơ sinh của mình. Xem Phim Danh Y Vượt Thời Gian Ông bắt đầu điều trị những người của thời đại, nhưng việc thiếu dụng cụ cần thiết và kiến thức y học thô sơ của thời kỳ này buộc ông phải phát triển các thiết bị y tế và y học của mình, và tìm kiếm những cách thức mới để hỗ trợ các bệnh nhân. Anh gặp phụ nữ quý tộc trẻ Young-rae (người trông giống như Mi-na), người đã đính hôn với người bạn thời thơ ấu của cô Kim Kyung-tak ( Kim Jaejoong ) nhưng không phải là trong tình yêu với anh ta. Danh Y Vượt Thời Gian Thông qua quá trình đầy thử thách này và với sự giúp đỡ của Young-rae và Lee Ha-eung ( Lee Beom-soo ), Jin Hyuk trở thành một bác sĩ thực sự. Nhưng hành động của ông bắt đầu can thiệp vào lịch sử và Jin Hyuk đang phải đối mặt với lựa chọn khó khăn.